Исмаил уби Годолия, назначения от Вавилон управител, и много други в Мицпа, след това устрои засада и уби осемдесет мъже, идващи да принесат жертви, преди да избяга към Амон с пленници. Йоханан и другите военачалници преследваха Исмаил, спасиха пленниците в Гаваон, но Исмаил избяга. Страхувайки се от халдейско възмездие за убийството на Годолия, Йоханан реши да поведе народа към Египет.
Много скоро след това, и само три месеца след превземането на Йерусалим, Исмаил (за когото сега научаваме, че е бил от царски род, което до голяма степен обяснява омразата му към Гедалия), и десет князе дойдоха отново в къщата на управителя в Мицпа, и всички ядоха хляб заедно – пълно изразяване на приятелство според източния обичай. Но, уви, това беше като пиршеството на Юда на последната пасха. Онези, които ядоха хляб с Гедалия, вдигнаха пета срещу него. По сигнал на Исмаил, той и десетте князе се надигнаха срещу своя любезен домакин, убиха го хладнокръвно, и след това избиха евреите и халдейците, които бяха в Мицпа (Йеремия 41:2).
Никой от свързаните с Гедалия не беше избягал, за да разнесе по други места ужасната история за клане и кръвопролитие. На следващия ден осемдесет мъже от Сихем, от Сило и от Самария дойдоха да донесат приношение в дома Господен. Как бяха покварили пътя за приближаване към БОГ и бяха възприели езически нрави, е видно от техните обръснати бради, и раздрани дрехи, и нарези по плътта им, каквито обикновено правеха поклонниците на Ваал. Все пак приношения и тамян бяха в ръцете им и колкото и невежи да бяха, те усещаха нуждата да търсят лицето на Господа.
Отвратителното лицемерие и ужасното предателство на Исмаил отново се надигат.
Приемайки вид на човек, дълбоко опечален от опустошенията на земята, той излиза, плачейки и ридаейки, и предлага да им бъде водач до управителя Гедалия. След като повежда обречените мъже в средата на града, той внезапно сваля маската и заедно със своите съучастници избива тези нищо неподозиращи мъже, както беше направил и с другите преди това, и хвърля телата им в яма – като пощадява десет от тях заради скритите запаси от жито, ечемик, масло и мед, които те трябваше да разкрият (Йеремия 41:5-8).
Ямата, в която бяха хвърлени убитите, беше подземна камера, построена по заповед на Аса, цар на Юда, като скривалище в случай че Вааса, цар на Израел, го обсади по време на възстановяването на Мицпа, почти четири века по-рано (3 Царе 15:22). Тя сега стана гробница за невинния Гедалия и неговите предани последователи, както и за седемдесетте посетители (Йеремия 41:9).
След като по този начин се разправи с мъртвите, Исмаил бързо се оттегли в земята на амонците, водейки със себе си царските дъщери и всички хора (вероятно бедните), които живееха в Мицпа и не бяха включени в клането.
Както и се очакваше, ужасната новина за неговите кървави деяния скоро се разнесе.
Йоханан и останалите капитани, като разбраха за това, веднага преследват бягащия предател и го настигат при
големите води, които са в Гаваон(Йеремия 41:12)
— старото бойно поле, където Йоав и Авенир се сблъскаха - разположили се от двете страни на басейна (2 Царства 2:12-17), и близо до историческото място, където Иисус Навин постигна голямата си победа над съюзните армии на ханаанците, когато отиде да защити мъжете от Гаваон.
Разбойниците, които следваха Исмаил, не направиха опит да се противопоставят на мъжете на Йоханан, но избягаха с водача си, докато всички хора, които отвеждаха
огледа се и се върна(Йеремия 41:13-15)
.
Йоханан несъмнено беше смел и патриотичен човек, но му липсваше благочестието на Гедалия; човек на действието, но не и такъв, който да чака БОГ за своя път. Без колебание, или да попита Господ, той поведе своите съюзници и спасената група към Химхам, близо до Витлеем, по пътя за Египет, решен да напусне земята на Палестина, страхувайки се от гнева на халдейците заради убийството на управителя, назначен от Небузардан, и на вавилонската стража от Исмаил (Йеремия 41:16-18).
След като по този начин бяха определили пътя си, подобно на множества преди и оттогава, те се правят, че търсят волята на Господа.